手を出したことがなかったので、とりあえずWindow作成してHelloWorldしてみました。

TestWindow

サンプルコードはこちらです。
エディタ拡張をするときは、Assetsの直下にEditorフォルダを作成し、その中にスクリプトを置く必要があります。

using UnityEngine;
using UnityEditor;
using System.Collections;

public class TestWindow : EditorWindow {

	[MenuItem("Window/TestWindow")]
	static void OpenTestWindow() {
		GetWindow<TestWindow>("TestWidnow",true);//ウィンドウを開く
	}

	void OnGUI() {
		EditorGUILayout.LabelField("Hello World");//ラベルを配置
	}
}

ウィンドウを作成するためにはEditorWindowを継承します。
コンポーネントの配置には13行目のようにOnGUIメソッド内にEditorGUILayoutを使って配置。
OpenTestWindowでは、Unity上部のメニューバーにアイテムを追加しています。自作のstaticメソッドにMenuItem属性をつければOKです。MenuItemが押下された時は、MenuItem属性をつけているメソッドが呼ばれるので、ここで押下された時の処理をここで書きます。